Творения Марка Эфесского – это систематическое изложение возражений против католиков и православное учение о соответствующих предметах:  исхождение Духа, чистилище, эпиклеза,  сущность и энергия и т. д.

Имя Марка Эффеского прежде всего связанно с Ферроро-Флорентийским Собором, с попыткой воссоединения Запада и Востока. К сожалению, попытка эта не привела к богословскому единству, Восток сдал Православие в угоду политическим интересам Византии. «Воссоединение» вышло чисто механическим и быстро было расторгнуто: во многом благодаря усилиям свт. Марка. Благодаря этому эфесского богослова начали считать «Отцом-антикатоликом», «Отцом-антиэкуменистом»… Это однако совершенно неверное представление. Свт. Марк был ярым сторонником воссоединения разделенных братьев, его мечтой было увидеть Запад и Восток снова вместе: но это воссоединение должно было быть подлинным, в вере и истине, в любви, а не административным актом. Свт. Марк не просто не «антиэкуменист», но несколько утрируя его можно назвать даже и «православным экуменистом», богословом воссоединения. Вот фрагмент его речи к Папе Евгению IV, которую надо читать очень и очень внимательно, подмечая какие причины святитель видит в разделениях христиан, как он видит воссоединение, а главное сам его тон, ту торжественную радость, с которой он встречает вновь встретившихся братьев (его восторженную надежду: несбывшуюся…):

«Сегодня — предначаток всемирной радости! Сегодня духовные лучи солнца мира предвосходят для всей вселенной. Сегодня члены Тела Господня, ранее разделенные и рассеченные в течение многих веков, спешат к взаимному единению! И не страждет Глава — Христос Бог — быть над разделенным Телом, и Любовь не желает совершенно отъять от нас узы любви! Поэтому Он побудил тебя, Первенствующего среди священнослужителей Его, пригласить нас сюда, и подвигнул благочестивейшего нашего Императора послушаться тебя, а также сотворил нашего Пастыря и Патриарха забыть старость и долговременное недомогание, а нас — пастырей (находящихся) под ним, отовсюду собрал и сотворил отважиться на долгий путь, и море и прочия бедствия. О, разве не очевидно, что это произошло силою и судом Божиим и что результат (Ιò πέρας) также будет хорошим и богоугодным, как уже наперед намечается? Итак, Святейший Отец, прими чад твоих, издалека с Востока приходящих: обними их, бывших в разделении в течение долгаго времени; уврачуй смутившихся. Всякий терний и причину преткновения, угрожающие делу мира, повели убрать из среды; скажи и сам твоим Ангелам, как подражатель Бога: «Путь сотворите людем Моим, и камение, еже на пути, размещите» (Ис.62,10). До каких пор мы, Того же Христа и той же веры, будем друг друга поражать и рассецать?! Доколе мы, почитатели Той же Троицы, будем друг друга угрызать и снедать, пока друг друга не истребим (Гал.5,15) и дадим возможность внешним врагам уничтожить нас?! Да не будет сего, Христе Царю, и да не победит Твою благость множество наших грехов.»

«Бог же, Единый все могущий, да восстановит Свою Церковь, Которую Своею Кровию искупил, и воля Его, как на небе, так да совершится и на земле, ибо Тому подобает слава, честь и поклонение во веки веков. Аминь»