После Исидора Пелусиота осталось около 10000 писем, из которых до нас дошло 2090. Они носят глубокий богословский характер, посвящены в основном экзегетическим и нравственным вопросам. Исидор Пелусиот принадлежал к антиохийской школе толкования Писания: он призывает «не насиловать смысла [Писания] по собственному произволу», для понимания Слова Божьего не достаточно одной только веры и благочестия, нужны разум, исторические и филологические познания. Те кто видят в Ветхом Завете одни лишь пророчества о Христе просто напросто ошибаются и дискредитируют веру: «Не безвинны те, которые относят весь Ветхий Завет ко Христу, — писал он, — ибо и язычникам, и не принимающим этого еретикам они доставляют помощь в борьбе с нами, так как, делая насилие тому, что о Нем не сказано, делают так, что и сказанное о Нем становится подозрительным» — надо видеть в Библии то, что там есть, а не «фантазировать» вокруг неё из «благочестия».