«Афины и Иерусалим» — центральная книга Шестова, представляющая его «систему». «Что общего у Афин и Иерусалима?» — повторяет вопрос  Тертуллиана Шестов. Самоуверенное знание европейской науки (откуда оно?) и безумная вера, абстракция и экзистенция, геометрический метод Спинозы и вопль Иова, «общеобязательное суждение» и Бог.

«Вера, одна глядящая на Творца и Творцом вдохновляемая вера, излучает из себя последние, решающие истины о существующем и несуществующем. Действительность преображается. Небеса поют хвалу Господу. Пророки и апостолы в самозабвении восклицают: смерть, где твое жало, ад, где твоя победа! Они же согласно обетуют: не видел того глаз, не слышало ухо и не приходило то на сердце человеку, что приготовил Бог любящим Его».

«Религиозная философия есть рождающееся в безмерных напряжениях, через отврат от знания, через веру, преодоление ложного страха пред ничем не ограниченной волей Творца, страха, внушенного искусителем нашему праотцу и переданного нам всем. Иначе говоря, она есть великая и последняя борьба за первозданную свободу и скрытое в свободе божественное «добро зело», расцепившееся после падения на наше немощное добро и наше всеуничтожающее зло».

«Философия же, не дерзающая подняться над автономным знанием и автономной этикой, философия, безвольно и беспомощно склоняющаяся пред открываемыми разумом материальными и идеальными данностями и отдающая им на поток и разграбление «единое на потребу», не приводит человека к истине, а навеки от истины уводит».