Главным делом Иринея Лионского как богослова была борьба с гностицизмом, захлестнувшего тогда Церковь. Ириней Лионский противопоставил гностическому эзотеризму, лишавшему большинство людей духовного знания, равнодоступность Божественного  Откровения, усвояемого в зависимости от свободы и желания человека, а не от его «происхождения». Защищал благость и красоту творения против гностиков, видевшими мир как ошибку демиурга или деградацию высших духовных сил. Мир, как учит Ириней Лионский, а через него сама Церковь, – прекрасен и должен быть спасён, он не тюрьма, не ужасное место, из  которого надо выбраться. Соответственно защищал и благость Творца, Который по свободе и любви творит мир. В этом же русле Ириней превозносит человека, как неразрывный синтез души и тела, человек немыслим без тела, поэтому оно воскреснет (гностики презирали телесность): «слава Божья в полностью раскрывшемся человеке», ибо руками Отца, т.е. через Сына и Духа, человек, а не часть человека, создается по подобию Божию. Душа же и дух могут быть частью человека, но никак не человеком; совершенный человек есть соединение и союз души, получающей Духа Отца, с плотью, которая создана по образу Божию». По мысли Иринея, Дух имманентен человеку, целиком пронизывает душу и тело. И тело тоже участвует в Богообщении. В центре мысли Иринея – Боговоплощение, Бог ставший человеком, плотью, ставший единым  со своим творением. Евхаристия – основа Церкви, т. к. сообщает Бога, и учение Церкви поверяется по ней. Церковь едина и неизменна в Евхаристии и Предании, сохранённом от апостолов. Пример такого единого видения  Иринеем Лионским человека, как благого единства души и тела, блага Творения, Боговоплощения, Спасения и Евхаристии в его полемике с гностиками: «Безрассудны вовсе те, которые презирают устроение Божие и отрицают спасение плоти, и отвергают ее возрождение, говоря, что она не участвует в нетлении. Но если не спасется она, то значит и Господь не искупил нас своею кровию и чаша Евхаристии не есть общение крови Его, и хлеб, нами преломляемый, не есть общение тела Его. Ибо кровь может исходить только из жил и плоти и прочего, что составляет сущность человека, которою истинно сделалось Слово Божие и искупило нас своею кровью». Важно, что Ириней Лионский один из первых Отцов Церкви кто отчетливо учивших о первостепенном значении Девы Марии в деле спасения (без неё творение не откликнулось бы свободно на зов Божий и Боговоплощения не произошло бы): «Ева <…> оказала непослушание и сделалась причиною смерти и для себя и для всего рода человеческого; так и Мария <…> чрез послушание сделалась причиною спасения для Себя и для всего рода человеческого» — т. е. первые люди свободно отклонились от Бога, Мария -«причина спасения» свободно возвращается (и вместе с ней всё человечество) к Нему.

В наше собрание творений св. Иринея Лионского вошёл его главный труд «Против ересей» («Пять книг проив ересей», «Обличение и опровержение лжеименного знания») — обширный труд против гностиков, по сути целая система православного богословия; «Доказательство апостольской проповеди» (краткое изложение христианского вероучения) и «О тираническом царстве антихриста».