Схиигумен Иоанн, в миру Иван Алексеевич Алексеев, родился 14 февраля 1873 года в Тверской губернии. Окончил курс Ильинской церковноприходской школы. О своем детстве о. Иоанн вспоминал:  «Когда я научился читать, то приобрел несколько книжек житий святых, тогда печатали маленькие книжечки. Был у меня единомысленный друг, вот мы с ним и толковали, как нам спастись. Ходили пешком в Нилову Пустынь, 150 верст от нас. Насушили мешочек сухарей, пристроили на плечи и – марш в дорогу. Ходили мы туда три раза. Слыхали мы, что там в лесах живет пустынница Матрена, но никак не могли повидать ее, да и глуповаты были – ведь только по 13 лет.
Старший мой брат жил в Петрограде. Он был деловой и неглупый, имел трактир и меня к себе взял. Немного я пожил с ним, а книжечки все приобретал. Брат поехал в деревню, а я в Коневский монастырь: нашелся попутный человек, владеющий финским языком. На Коневце нам не понравилось, отправились на Валаам».

Первый раз Иван Алексеев поступил в Валаамский монастырь шестнадцатилетним мальчиком, в 1889 году. Сразу по поступлении в монастырь его отправили в один из многочисленных скитов Валаама – скит преподобного Германа Валаамского. В Германовском скиту занимались земледелием и выращивали скот. Ивану пришлось помогать в хлеву и на полях, к чему он сам с детства был привычен. Так прошли четыре года в Германовском скиту.

Потом Ивана призвали на военную службу, которая в то время продолжалась четыре года. Служил Иван в стрелковом батальоне, после армии вернулся на несколько лет в свою родную деревню к родителям. Окончательно он прибыл на Валаам 28 мая 1901 года и позже в своих воспоминаниях писал: «Вот и живу с тех пор в монастыре, и мысли никогда не было, чтобы вернуться в мир. Благодарю Господа, что Он по Своей милости сподобил меня, грешного, провести всю мою жизнь в монастыре».

По возвращении на Валаам Ивана ожидали иные послушания. Сначала он работал в экономической конторе на главном острове. Но вскоре на него были возложены новые обязанности, которые хотя и не были особенно приятными, но должны были исполняться так же добросовестно, как и все другие. Ивана отправили на послушание в Петербург, в часовню Валаамского монастыря у Калашниковой пристани (на Синопской набережной). Там он пробыл два года.

Отец Иоанн рассказывал: «Многомятежный сей град повлиял на меня вредно, и я, немощный духом, не смог вместить городской сутолоки, ибо мне приходилось закупать, отправлять на вокзал и пароход и принимать разные товары, какие требовались для монастыря».

21 декабря 1906 года Иван был зачислен в послушники Валаамского монастыря. 22 мая 1910 года был пострижен в монашество с именем Иакинф. После многих просьб игумен Маврикий разрешил отцу Иакинфу покинуть Калашниковское подворье и переселиться в Ильинский скит. После пребывания в Ильинском скиту отец Иакинф нес послушание смотрителя Предтеченского скита.

19 октября 1921 года состоялось новое назначение – настоятелем далекого северного монастыря — Трифоно-Печенгской обители. 13 ноября о. Иакинф был рукоположен во иеродиакона, 15 ноября во иеромонаха, а 11 ноября возведен в сан игумена. Для самого отца Иакинфа это было большой неожиданностью. Прямо из простых монахов его посвятили в сан игумена с возложением наперсного креста.

В книге М. А. Янсона «Валаамские старцы» приведены слова, раскрывающие тогдашнее настроение отца Иакинфа в тот период времени. Он вспоминает, что принял назначение совершенно благодушно, волнения не испытывал. Отец Иакинф даже сам удивлялся этому, так как, по его собственным словам, он был человеком от природы робким. Случалось, что когда, придя из скита в главный монастырь, он подходил во время всенощной прикладываться к Евангелию, его ноги ослабевали, голова начинала кружиться так, что он боялся упасть. Из-за этого он иногда даже не подходил к Евангелию. Но теперь, после назначения в настоятели, с отцом Иакинфом произошло нечто прямо противоположное: вместо страха появились слезы.

В должность настоятеля Трифоно-Печенгского монастыря о. Иакинф вступил 30 декабря 1921 года. 4 октября 1931 года по своему желанию, предписанием архиепископа Германа, освобожден от должности настоятеля и с 11 октября 1931 года состоял духовником Печенгской обители.

24 мая 1932 года, по своему прошению, о. Иакинф был освобожден от должности духовника и переведен в число братии Валаамского монастыря. 14 июня 1932 года он выехал в родную Валаамскую обитель. По прибытии он находился в Предтеченском скиту и состоял его смотрителем. Скит Иоанна Предтечи предназначался для тех, кто избрал для себя более суровый образ подвижничества. Поэтому и пост там соблюдался строже, чем в других скитах монастыря. Такие продукты, как молоко, масло и яйца там никогда не употреблялись в пищу. Также не благословлялась рыба, а добавление растительного масла разрешалось лишь в редкие дни. В скиту также не употребляли чай.

8 мая 1933 года о. Иакинф был пострижен в наивысшую степень монашества – великую схиму с именем Иоанн. Он стал монахом-пустынником, главное послушание которого – непрестанная молитва о спасении своей души и о душах всех скорбящих.

Летом 1937 года о. Иоанн перешел из скита в монастырь, где нес послушание в должности главного духовника.

В 1940 году отец Иоанн вместе с братией был вынужден эвакуироваться с Валаама из-под огня войны. Игуменом с братией было приобретено в Финляндии сельское поместье Папинниеми, нынешний Новый Валаам, расположенный в живописном месте, на пологом южном берегу озера Юоярви.

Озеро со всех сторон обрамлено дремучими лесами. Ко времени переезда монастыря в Папинниеми здесь еще не было хорошей шоссейной дороги. Связь с внешним миром велась, главным образом, водным путем. Поэтому в обители царили покой и уединение. Для братии, насчитывающей более ста пятидесяти человек, было важно то, что в поместье имеется множество различных построек. И все же было очень тесно. На старом Валааме каждый монах имел свою собственную келью, теперь же в одной комнате размещалось до пяти иноков.

Кельей старца служила скромная комната. Здесь было небольшое окно, из которого открывался прекрасный вид на тихое озеро. На внутренней стороне двери был прикреплен старинный рисунок: два монаха беседуют между собой. У одного в глазу маленький сучок, у другого – громадное бревно. Рисунок иллюстрировал слова Спасителя: И что ты смотришь на сучок в глазе брата твоего, а бревна в твоем глазе не чувствуешь? (Мф. 7; З).

В последние годы жизни о. Иоанн очень страдал от водянки и грыжи. За год до смерти, в ноябре 1957 года, отца Иоанна отвезли в дом престарелых в Хейнявеси, где он пробыл до середины января 1958 года. По Новому Валааму отец Иоанн очень скучал и примерно в середине января смог вернуться в родную обитель. В болезни ему служили оо. Димитрий и Иона, делали перевязки, ухаживали.

24 мая (6 июня) 1958 года отец Иоанн отошел ко Господу.

Похоронили схиигумена Иоанна на кладбище Нового Валаама.