Доброклонский, выдающийся церковный историк, значим прежде всего своим «Руководством по истории Русской Церкви». «Руководство по истории Русской Церкви» писалось как семинарский учебник, но, по сути, является фундаментальным трудом по истории Русской Церкви до XX века. Особенно, «Руководство по истории Русской Церкви» ценят за богатство фактического материалы, научную выверенность.

Отец Георгий Митрофанов в своих лекциях оценивает «Руководство по истории Русской Церкви» Доброклонского как «наиболее подробную историю Русской Церкви от крещения Руси до 20 века. Учебник этот сухой. Но не просто так он получил ещё до революции премию мит. Макария (Булгакова). «Руководство по истории Русской Церкви» — одна из самых исчерпывающих по колличеству фактического материала и одна из самых научно выверенных книг по истории Русской Церкви. Хотя и напоминает справочник.»

Николай Афанасьев, ученик Доброклонского, писал о его «Руководстве по истории Русской Церкви»: «Хотя это было руководство по русской истории для семинарий, но оно имело и большое научное значение. Впервые был использован огромный материал, особенно по истории синодального периода русской церкви».