Иустин в своём философском поиске пережил конфликт античного и христианского пониманий философии: как абстрактного мышления и опытного экзистенциального познания. Философия возможна, потому что человеку присуща способность Боговедения (поэтому античная философия не бесполезна, а служит приуготовлением к Евангелию). Философ-Мученик развивает учение о Боге как Творце мира, как о принципе Его существования, о Том, Кто является в Теофании, с одной стороны, и как полностью апофатичном, трансцендентном, несообщаемом, «анонимном» с другой. Здесь предугадывается то центральное для Православия богословие, которое найдёт своё завершение в паламизме. Первая тема раскрывается в основном, в учении Иустина Философа о Логосе – как посреднике между Богом и миром, как о разумном начале Вселенной, но безусловно равночестном  и единым с Отцом. Центром его мысли было Воплощение Логоса – это «безумие для эллинов». Его философия выполнена в эсхатологических тонах, в ожидании Второго Пришествия Вочеловечившегося Логоса.  В его сочинениях есть бесценные свидетельства о жизни ранних христиан (в частности одно из первых подробных описаний Евхаристии).

В наше собрания творений св. Иустина Философа и Мученика вошли две его «Апологии» (первая адресована императору Антонину Пию, вторая — римскому сенату; основная задача Иустина Философа в этих Апологиях, убедить власти не преследовать христиан за «одно лишь имя», призвать к более объективной оценке; в первой Апологии содержися подробное описане христианского вероучения и богослужения) и «Разговор с Трифоном» — самая ранняя из дошедших до нас апологий иудаизма (к сожалению не полностью). «Разговор с Трифоном» — возможно запись реально произошедшего диспута Иустина с раввином Тарфоном. В нём содержаться автобиографические данные об Иустине Философе, в частности расказ об его духовном поиске и обращении ко Христу. Также «Разговор с Трифоном» посвящен христианскому пониманию Ветхого Завета, философскому учению Иустина о Боге.