«История Греко-восточной церкви под властью турок» — капитальный труд А. П. Лебедева, первая и чуть ли не до сих пор единственная история православных греков под властью турок. Лебедев подробно рассматривает источники этой истории; взаимные отношения Османской империи, церковной иерархии и христианского народа друг к другу; историю Константинопольского Патриархата под властью турок: материальное и нравственное его состояние, его церковно-общественную деятельность; общеобразовательные и духовные школы в этот период; отношения с католицизмом и протестантизмом; религиозную жизнь и нравы народа. В конце Лебедев приводит краткие сведения об Александрийском, Антиохийском и Иерусалимском патриархатах.

Один из критических отзывов о книге профессора А. П. Лебедева «История Греко-Восточной церкви под властью турок» напечатан в известном научном журнале «Византийский Временник». Приведем заключительные слова из этого отзыва: «Книга проф. А. П. Лебедева заслуживает внимания по одному тому, что представляет первый в русской литературе серьезный опыт подробного изучения судьбы Православной Греческой церкви после завоевания Византии турками. Автор воспользовался для своей цели многочисленной иностранной литературой вопроса, весьма тщательно и критически изучил ее и воспроизводит в своем исследовании эту литературу всю сполна, до мелочей включительно. При этом книга написана ясным и простым языком и вполне пригодна для популярного чтения. Проф. А. П. Лебедев настоящим исследованием удачно пополнил целую серию своих работ по истории Греко-Восточной церкви» (1896. Т. III. С. 680).