Александр Лопухин родился 10 октября 1852 года в селе Митякино Саратовской губернии в семье священника.
Среднее образование получил в саратовской духовной семинарии. В 1874 году поступил в духовную академию Санкт-Петербурга, которую закончил в 1878 году.
По окончании академии за глубокое знание английского языка был назначен псаломщиком в русскую церковь при российском посольстве в Нью-Йорке, где нёс послушание с 1879 по 1881 год. В 1881 году защитил магистерскую диссертацию «Римский католицизм в Америке: Исследование о современном состоянии и причинах быстрого роста Римско-Католической Церкви в Соединенных Штатах Северной Америки».
В 1882 году вернулся в город Санкт-Петербург; в 1883 году и занял кафедру сравнительного богословия. В 1885 году, после ухода в отставку профессора А. И. Предтеченского, перешёл на кафедру древней общегражданской истории, которую занимал до своей кончины.
Александр Павлович Лопухин скончался 22 августа 1904 года. Погребен на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры Санкт-Петербурга.